BBMapショートアライナ、およびその他のバイオインフォーマットツール。
- ソフト名 : BBMap
- OS : Solaris,Windows,Mac,BSD
- 言語 : Java
- 開発者 : HOME
BBMap 詳細説明
このパッケージには、BBMAP、短い読み取りアライナ、および他のさまざまなバイオインフォーマットツールが含まれています。これは純粋なJavaで書かれており、任意のプラットフォームで実行でき、インストールされているJava以外の依存関係はありません（Java 6以降でコンパイルされています）。すべての道具は効率的でマルチスレッド化されています。
BBMAP：DNAおよびRNA – SeQデータのための短読アライナ。何百万もの足場を持つ任意の大きなゲノムを取り扱うことができます。Illumina、Pacbio、454、その他の読み取りを処理します。非常に高い感度と誤差の耐性と多数の大きなインデル。非常に速い。
BBNORM：Kmer-Basedの誤り訂正および正規化ツール。
DESUPE：ターゲットのパーセントアイデンティティを共有する重複または包含されている部分列を削除することによってアセンブリを簡素化します。Refermat：FASTA / FASTQ /の間で再フォーマットスカーフ/ FASTA + QUAL / SAM、インターリーブ/ペアリーブ、およびASCII-33/64、500 MB / s以上。
BBDUK：フィルタ、トリム、またはマスクは、アーティファクト/汚染物質ファイルにKmerマッチを読み取ります。
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